JPA 规范区分系统异常和应用程序异常。我对这条线的确切位置有点困惑。我的猜测：
应用程序异常是代码使用的代码或库显式或隐式引发的异常。
系统异常可能是持久性提供程序引发的异常。它当然包含 的所有子类。javax.persistence.PersistenceException
EJBException如何使用 ApplicationException 注释来影响行为？我从未见过它被使用过。
当存在业务逻辑错误（而不是系统错误）时，应引发应用程序异常。
有一个重要的区别：应用程序异常不会自动导致事务回滚。客户端有机会在引发应用程序异常后进行恢复。
应用程序异常将发送到客户端，而无需重新打包为 EJBException。因此，您可以使用它们来报告验证错误或业务逻辑问题，它们将到达客户端。
这是否包括所有异常、运行时和已检查，而不考虑源？
不。默认情况下，应用程序异常是不扩展 RuntimeException 或 RemoteException 的异常。您可以更改此设置，如下所述。
如何使用 ApplicationException 注释来影响行为？
如果您希望事务自动回滚，则可以使用@ApplicationException（rollback=true）。
您还可以在 RuntimeException 和 RemoteException 的子类上使用注释，以避免包装为 EJBException，并定义它们的自动回滚行为。
其他 Java EE 库引发的异常呢？
它们将遵循相同的规则，但您可以使用 XML 描述符将第三方类声明为应用程序例外（带或不带自动回滚）。
提供程序代码引发的其他异常呢？
不确定，我认为您很少会看到来自提供程序代码的非系统错误（远程或运行时异常）。
如果将异常包装在 EJBException 中，是否有区别？
是的。这将影响您处理客户端代码中异常的方式。
（参考：Enterprise JavaBeans 3.0， Bill Burke， O'Reilly）
我希望它能有所帮助。
我觉得，我必须补充这个非常清晰的描述，Mahesh Desai在Coderanch上给出的：
任何作为 Exception 的子类，但不是 RuntimeException 和 RemoteException 的子类的异常，都是应用程序异常。所有应用程序异常都是检查异常，因此，当我们调用方法中可以引发应用程序异常的另一个方法时，我们必须在调用方法的 throws 子句中声明它，或者在调用方法的正文中捕获它，或者两者兼而有之。
除 RemoteExceptions 之外，所有系统异常都是未选中的异常，用户无法处理它。
