我刚刚发现了HDF5格式，我正在考虑使用它来存储分布在Java应用程序服务器集群上的3D数据。我发现有几种可用于Java的实现，并想知道它们之间的区别：
Java HD5 Interface （JHI5）来自 HDF 组本身的 Java 包装器。
Nujan：纯Java NetCDF4和HDF5编写器（无法读取HDF5）
最重要的是，我想知道：
覆盖了多少本机 API，以及本机 API 中不存在的任何限制？
是否支持“并行 HDF5”？
加载 3D 数据后，每次访问 3D 数组中的一个元素时，是否都会获得“本机调用开销”？也就是说，数据是否真的被转换为Java对象，或者留在“本机/JNI内存”中？
对于特定的实现，是否有任何已知的稳定性问题，因为本机代码中的崩溃通常会使整个JVM关闭？
HDF Java遵循分层方法：
JHI5 - 低级JNI包装器：非常灵活，但使用起来也相当乏味。
Java HDF对象包 - 基于JHI5的高级接口。
HDFView - 基于Java HDF对象包的基于Java的查看器应用程序。
JHDF5提供了一个在JHI5层上构建的高级接口，该接口为Java提供了HDF5的大部分功能。该 API 具有较浅的学习曲线，并且对开发人员隐藏了大部分管理工作。您可以在作为 JHDF5 一部分的 JHI5 接口上运行 Java HDF 对象包（和 HDFView），因此这两个 API 可以在一个 Java 程序中共存。
Permafrost和Nujan在这一点上似乎远未完成，Permafrost最近没有看到很多活动，所以它们似乎不是目前的首选。
我认为对你来说，一个好的方法是看看Java HDF5对象包和JHDF5，决定两个API中的哪一个更适合你的需求，然后使用那个。
免责声明：我曾在JHDF5界面上工作过，所以我可能有偏见。
只是想指出另一个选项，jhdf.io 它是HDF5的纯Java库。目前它是只读的，不涵盖完整的HDF5规范。但是它可以打开和读取许多HDF5文件，我希望随着时间的推移对其进行改进。作为纯Java，与其他选项相比，集成到其他Java项目中要容易得多，并且避免了与JNI相关的问题。
免责声明：我是图书馆的作者。jhdf
