将 Java 源代码包视为一个大的分层命名空间。商业应用程序通常位于“com.mycompany.myapp”下（此应用程序的网站可能是“http://myapp.mycompany.com”，尽管情况显然并非总是如此）。
如何在 myapp 包下组织内容在很大程度上取决于您。对于 C#，可执行文件（.exe）、DLL 和低级类之间的区别在 Java 中不存在相同的形式。所有Java源代码都被编译成.class文件（其内容称为“字节码”），这些文件可以由许多平台上的Java虚拟机（JVM）执行。因此，在高级/低级类中没有固有的区别，除非您通过打包来归因于这些级别。一种常见的包装方式是：
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com.mycompany.myapp： main class;MyApp（使用主方法）
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com.mycompany.myapp.model： domain model classes;客户、订单等
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com.mycompany.myapp.ui：用户界面（演示文稿或视图）代码
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com.mycompany.myapp.service：应用程序中的服务，即“业务逻辑”
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com.mycompany.myapp.util：在多个地方使用的帮助器类
这表明它是一个独立的Java应用程序，如果它是使用众多框架之一的Web应用程序，则可能会有所不同。
这些包对应于项目中的目录层次结构。使用 Eclipse 时，这种层次结构的根称为“源目录”。一个项目可以定义多个源目录，通常是“主”和“测试”源目录。
项目中的文件示例：
src/test/java/com/acme/foo/BarTest.java
src/main/java/com/acme/foo/Bar.java
lib/utilities_1_0.jar
在utilities_1_0.jar内部：
com/acme/foo/BarUtils.class
BarUtils.class这是一个编译的java类，因此采用独立于平台的字节码形式，可以在任何JVM上运行。通常，jarfile 只包含已编译的类，尽管有时您可以下载一个还包含源（.java）文件的 jar 版本。如果您希望能够读取正在使用的jar文件的原始源代码，这将非常有用。
在上面的示例中，BarTest 和 BarUtils 都位于同一个包 com.acme.foo 中，但物理上位于硬盘上的不同位置。
直接驻留在源目录中的类位于“默认包”中，通常不是一个好主意，因为不清楚该类属于哪个公司和应用程序，并且如果添加到类路径中的任何 jar 文件包含默认包中具有相同名称的类，则可能会发生名称冲突。
现在，如果您部署此应用程序，它通常会编译成.class文件并捆绑在.jar中（这基本上是.zip文件的花哨名称加上一些清单信息）。创建.jar不是运行应用程序所必需的，但在部署/分发应用程序时很方便。使用清单信息，您可以将.jar文件设置为“可执行”，以便用户可以轻松运行它，请参阅[a]。
通常，您还将使用多个库，即从Internet获得的现有.jar文件。非常常见的例子是log4j（日志记录框架）或用于访问数据库的JDBC库等。此外，您可能拥有自己的子模块，这些子模块部署在单独的jar文件中（如上面的“utilities_1_0.jar”）。如何在jarfile上拆分内容是一个部署/分发问题，它们仍然共享Java源代码的通用命名空间。因此，实际上，如果您愿意，可以解压缩所有jarfile并将内容放在一个大目录结构中（但通常不会）。
当运行一个使用/由多个库组成的Java应用程序时，你会遇到通常所说的“类路径地狱”。正如我们所知，Java的最大缺点之一。（注意：据说帮助正在路上）。要在命令行上运行Java应用程序（即不是从Eclipse运行），您必须在类路径上指定每个.jar文件位置。当你使用Java的众多框架之一（Maven，Spring，OSGi，Gradle）时，通常会有某种形式的支持来减轻这种痛苦。如果你正在构建一个Web应用程序，你通常只需要遵守它的分层/部署约定，就可以轻松地在你选择的Web容器（Tomcat，Jetty，Glassfish）中部署它。
我希望这能为Java中的工作方式提供一些一般性的见解！
[a] 要制作 MyApp 应用程序的可执行 jar，您需要在路径上有一个 JDK。然后在编译（bin 或目标）目录中使用以下命令行：
jar cvfe myapp.jar com.mycompany.myapp.MyApp com\mycompany\myapp
然后，您可以使用以下命令从命令行执行它：
java -jar myapp.jar
或双击 jar 文件。请注意，在这种情况下，您不会看到 Java 控制台，因此这仅对具有自己的 GUI（如 Swing 应用程序）或可能在后台运行的应用程序（如套接字服务器）有用。
