R CMD javareconf not find jni.h

java r rjava

2022-09-01 06:39:04

我正在尝试将rJava安装在基于debian（jessie）和Anaconda的docker容器中。

作为根，我做了

$ apt-get update  && apt-get install -y --no-install-recommends \
  default-jdk default-jre libicu-dev

然后

$ R CMD javareconf 
Java interpreter : /usr/lib/jvm/jdk1.8.0_121/jre/bin/java
Java version     : 1.8.0_121
Java home path   : /usr/lib/jvm/jdk1.8.0_121
Java compiler    : /usr/lib/jvm/jdk1.8.0_121/bin/javac
Java headers gen.: /usr/lib/jvm/jdk1.8.0_121/bin/javah
Java archive tool: /usr/lib/jvm/jdk1.8.0_121/bin/jar

trying to compile and link a JNI program 
detected JNI cpp flags    : -I/usr/lib/jvm/java/include -I/usr/lib/jvm/java/include/linux
detected JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/jre/lib/amd64/server -ljvm
gcc -std=gnu99 -I/opt/conda/lib/R/include -DNDEBUG -I/usr/lib/jvm/java/include -I/usr/lib/jvm/java/include/linux -I/opt/conda/include    -fpic  -I/opt/conda/include  -c conftest.c -o conftest.o
conftest.c:1:17: fatal error: jni.h: No such file or directory
 #include <jni.h>
                 ^
compilation terminated.
/opt/conda/lib/R/etc/Makeconf:133: recipe for target 'conftest.o' failed
make: *** [conftest.o] Error 1
Unable to compile a JNI program


JAVA_HOME        : /usr/lib/jvm/jdk1.8.0_121
Java library path: 
JNI cpp flags    : 
JNI linker flags : 
Updating Java configuration in /opt/conda/lib/R
Done.

但是jni.h在JDK中是正确的：

# find /usr/lib/jvm/jdk1.8.0_121/ -name jni.h
/usr/lib/jvm/jdk1.8.0_121/include/jni.h

它看起来并不像是找到它。而且，如果我看一下我可以使用javareconf设置的所有变量，比如JAVA_HOME，我没有看到设置JNI cpp标志的能力，这需要正确的包含。javareconf

我在互联网上看到过这个问题的各种帖子，但没有解决方案。

答案 1

我不确定这里是否已经确认了答案，但我会向大家指出Andrew Collier的这篇文章。

他的建议：

（1）更新所有储存库

sudo apt update -y

（2）确保安装了 JRE 和 JDK 8

sudo apt install -y openjdk-8-jdk openjdk-8-jre

（3）然后，正如许多用户已经说过的那样，将R指向Java，并带有指向JDK 8的显式路径

sudo R CMD javareconf JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-8-openjdk-amd64/

特定的 Java 包并不重要，只要它在 /include 目录中具有所有必要的编译内容即可。

user@laptop:~$ ls /usr/lib/jvm/java-8-openjdk-amd64/include/
classfile_constants.h  jdwpTransport.h  jvmticmlr.h  linux
jawt.h                 jni.h            jvmti.h

有关这方面的更多信息，我建议如何找到jni.h？以便正确定位/编译此目录。

答案 2

R正在查看不同的位置：

detected JNI cpp flags    : -I/usr/lib/jvm/java/include -I/usr/lib/jvm/java/include/linux

我遇到了类似的问题，但安装jdk后一切都很好：

sudo apt-get install openjdk-8-jdk